Управление Учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и Алтайского края на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом Учреждения является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью Учреждения. В Учреждении сформированы коллегиальные органы управления, к которым относятся:
Структура, порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления Учреждения, порядок принятия ими решений и выступления от имени организации устанавливаются Уставом.
В целях учета мнения обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников по вопросам управления Учреждением и при принятии локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы по инициативе обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников, в Учреждении могут создаваться советы обучающихся, советы родителей, действует профессиональный союз работников МБОУ «Гимназия №3».
МБОУ "Гимназия №3" структурных подразделений не имеет.
